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臨床上應注意與流感、普通感冒、細菌性肺炎、傳染性非典型肺炎(SARS)、傳染性單核細胞增多癥、巨細胞病毒感染、衣原體肺炎、支原體肺炎等疾病進行鑒別診斷。
1、與流行性感冒鑒別
流行性感冒一般分為三種，即甲型、乙型和丙型。乙型和丙型流行性感冒一般只在人群中傳播，很少傳染到其他動物。甲型流行性感冒大部分都是禽流感，禽流感病毒一般很少使人發病。禽流感主要在鳥類中間傳播，偶可感染至人，其臨床表現與人類流行性感冒相似，但人禽流感癥狀重、并發癥多，與普通流感有一定區別。
2、細菌性肺炎
主要有感染性和理化性如放射線、毒氣、藥物以及變態反應性如過敏性肺炎等，臨床所見絕大多數為細菌、病毒、衣原體、支原體、立克次體、真菌和寄生蟲等引起的感染性肺炎，其中以細菌最為常見。
3、衣原體肺炎
肺炎衣原體與鸚鵡熱和砂眼衣原體有相同的屬特異性抗原，而其他特異性抗原血清學特征卻不同。通常DNA雜交試驗和限制性核酸內切酶分析確認其為不同于砂眼和鸚鵡熱衣原體的第三種衣原體。