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現有證據表明,細支氣管肺泡癌的病因可能與其他類型的肺癌存在一定的差異。譬如,細支氣管肺泡癌與吸煙相關,但較其他類型肺癌相關性弱。還有報道認為各種原因引起的肺實質損傷形成的陳舊性瘢痕可發展成為細支氣管肺泡癌,如肺纖維化、肺結核、肺膿腫或梗死等。此外,肺的先天性囊腫,某些結締組織病等都與細支氣管肺泡癌的發病相關。另外,女性的高發病率可能與廚房煙塵中含有致癌物質或末梢細支氣管及肺泡的損傷有關。研究還發現細支氣管肺泡癌的發生可能與一種羊反轉錄病毒的感染有相關性。
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